來自塞恩斯伯里實驗室(TSL)和基因組分析中心(TGAC)的一組科學家開發(fā)了一種加速植物抗病基因分離的新方法。該團隊還在美洲茄(Solanum americanum)中發(fā)現(xiàn)了一種新的抗枯萎病基因來源,這是一種馬鈴薯的野生親緣關系。
植物病原體如晚疫病可迅速進化以克服抗性基因,因此科學家們不斷尋找新的抗性基因。來自TSL實驗室的Jonathan Jones教授及其同事開創(chuàng)了這項名為“SMRT RenSeq”的新技術,并相信它將大大減少定義新抗性基因所需的時間。
該團隊計劃在一個植物中將幾個抗性基因疊加在一起,使病原體更難以進化以克服植物的防御。希望這種新技術的部署將改善商業(yè)作物,并將帶來更高的產(chǎn)量,顯著降低環(huán)境影響,降低生產(chǎn)者和*終消費者的成本。
馬鈴薯晚疫病仍然是馬鈴薯和番茄生產(chǎn)的主要威脅,全球作物損失估計超過35億英鎊。預防措施和作物損失使英國馬鈴薯農(nóng)民每年損失約5500萬英鎊,而農(nóng)場枯萎病管理可占馬鈴薯生產(chǎn)總成本的一半。
管理疾病需要經(jīng)常使用殺真菌劑,這不僅會導致顯著的經(jīng)濟成本,還會導致環(huán)境成本??梢詫⑦z傳抗性引入作物物種中,這減少了對化學噴灑的需要。然而,使用常規(guī)育種技術,部署遺傳抗性是漫長而費力的。
新植物抗性基因的來源很難找到。TSL小組調(diào)查了野生馬鈴薯相對的Solanum americanum,它攜帶了幾種抗性基因,并利用這項新技術,迅速分離出一種新的抗性基因Rpi-amr3。
SMRT RenSeq通過結(jié)合兩種測序技術:‘RenSeq’(抗性基因富集測量)和‘SMRT’(單分子實時測序),使得發(fā)現(xiàn),定義和引入遺傳抗性的過程更快更容易。
該技術包括兩個主要步驟:
1、使用選擇攜帶通常與抗性基因相關的序列的長DNA分子的方法“捕獲”DNA序列的子集。
2、對這些DNA分子進行多次測序,以確保使用新型長讀取SMRT技術盡可能準確地確定編碼。
這導致每個候選抗性基因的非??煽康腄NA序列。對結(jié)果的遺傳分析使團隊能夠確定哪些候選基因與枯萎病抗性相關。此后,SMRT RenSeq方法還使團隊能夠識別和定義調(diào)節(jié)抗性基因的基因組部分。幾個候選物被引入模型物種中,其中一個(Rpi-amr3)成功地提供了廣譜抗枯萎病。TGAC的Platforms&Pipelines Group執(zhí)行了由David Baker領導的測序。喬納森瓊斯教授說:“將抗病基因工程化為作物是一場持續(xù)不斷的戰(zhàn)斗,比新的疾病病毒領先一步,科學家們正在不斷研究如何加快這一過程。這項新技術大大減少了隔離的時間和成本。候選抗性基因,并且在馬鈴薯和其他作物中具有應用于其他所需特性的巨大潛力。”
TGAC項目負責人和TGAC植物與微生物基因組組組長Matt Clark博士說:“我們的栽培馬鈴薯和西紅柿對馬鈴薯枯萎非常敏感,因為數(shù)千年的選擇性育種帶來了遺傳變異的巨大損失。然而,在密切相關的野生物種中,有可能發(fā)現(xiàn)對這些病原體的天然抗性。在與作物病原體的軍備競賽中尋找和使用來自密切相關植物的抗病基因至關重要。這種技術加速了這一過程,我們希望能有所幫助減少作物對疾病的損失。”
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